Laboratorium yang dikelola oleh Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Maulana Malik Ibrahim Malang digunakan sebagai sarana pembelajaran serta penelitian baik di Prodi Sarjana Farmasi maupun Prodi Pendidikan Dokter. Laboratorium yang digunakan dalam proses pendidikan dan penelitian di Prodi Pendidikan Dokter FKIK UIN Malang terdiri dari (1) Laboratorium Kedokteran Dasar dan (2) Laboratorium Keterampilan Klinis:
Laboratorium Kedokteran Dasar
Laboratorium kedokteran dasar berisi instrumen-instrumen yang digunakan untuk mempelajari ilmu-ilmu kedokteran dasar seperti biomedik, histologi, anatomi, fisiologi, biokimia, dll. Berikut adalah daftar laboratorium kedokteran dasar yang ada di Prodi Pendidikan Dokter FKIK UIN Malang.
Laboratorium Keterampilan Klinis merupakan laboratorium yang digunakan untuk mempelajari dan mengasah keahlian klinis yang wajib dimiliki oleh seorang dokter. Terdapat 7 ruangan laboratorium keterampilan klinis yang dilengkapi dengan alat-alat pembelajaran sesuai dengan standar nasional Objective Structured Clinical Examination (OSCE).
