Pada tahun akademik 2016/2017, Program Studi Pendidikan Dokter UIN Maulana Malik Ibrahim Malang (UIN Malang) menggunakn kurikulum berbasis kompetensi dengan strategi PBL (Problem-Based Learning) yaitu pembelajaran berdasarkan masalah.
Kurikulum Prodi Pendidikan Dokter UIN Malang disusun sesuai dengan jenjang KKNI Level 7 pada tahap sarjana dan Level 8 pada tahap Profesi. Standar Kompetensi Dokter Indonesia (SKDI) merupakan landasan utama dalam penyusunan kurikulum prodi pendidikan dokter. UIN Malang juga mengembangkan Standar Kompetensi Dokter Muslim yang digunakan sebagai landasan penyusunan muatan local serta keunggulan pada Pengelolaan Kesehatan Haji.
Profil lulusan adalah peran yang dimiliki oleh lulusan kita di masyarakat. Profil lulusan dijadikan ajuan untuk mendefinisikan capaian pembelajaran. Profil lulusan ditetapkan oleh forum yang dilaksanakan oleh FKIK di tahun 2020 dengan melibatkan beberapa pihak Pada tahap ini PSPD FKIK UIN Maulana Malik Ibrahim Malang telah melibatkan pemangku kepentingan yang dapat memberikan kontribusi untuk memperoleh konvergensi dan konektivitas antara institusi pendidikan dengan pemangku kepentingan yang akan menggunakan hasil didik, dan hal ini dapat menjamin mutu lulusan.