منذ تحوّلها إلى جامعة رسمية عام ٢٠٠٤، تضطلع جامعة مولانا مالك إبراهيم مالانج الإسلامية الحكومية بمهمة تنظيم التعليم العالي في مجال الدراسات الدينية الإسلامية والعلوم العامة. وقد تجلّت الأهداف السامية لإنشاء كلية الطب والعلوم الصحية في "شجرة المعرفة" التي أطلقها مؤسسو الجامعة. وتمّ إدراج خطة إنشاء هذه الكلية في خطة التنمية الاستراتيجية للجامعة للفترة ٢٠٠٦-٢٠٣٠. بدأ البروفيسور الدكتور ح. إمام سوبرايوغو، رئيس جامعة مولانا مالك إبراهيم مالانغ الإسلامية الحكومية آنذاك، التحضيرات لإنشاء الجامعة، واستمرت هذه التحضيرات في عام ٢٠١٢ على يد الرئيس التالي، البروفيسور الدكتور مودجيا راهارجو، الحاصل على درجة الماجستير في العلوم، وذلك بتوقيع مذكرة تفاهم مع جامعة سيبلاس ماريت سوركارتا (UNS) بصفتها الكلية المشرفة على كلية الطب، تمهيدًا لإنشاء برنامج دراسة الطب. وفي أكتوبر ٢٠١٥، تعاونت جامعة مولانا مالك إبراهيم مالانغ الإسلامية الحكومية مع مستشفى الدكتور سوبرايوغو (المستوى الثاني) في مدينة مالانغ، لتكون بمثابة مستشفى تعليمي رئيسي. وسعياً منها للارتقاء بمستوى التميز في مجال طب السياحة، ولا سيما الحج، أقامت الجامعة شراكة مع المديرية العامة للحج والعمرة التابعة لوزارة الشؤون الدينية.
تمت الموافقة على افتتاح برنامج دراسة التعليم الطبي والمهن الطبية في جامعة مولانا مالك إبراهيم مالانج الإسلامية الحكومية بموجب مرسوم وزير البحث والتكنولوجيا والتعليم العالي رقم 126/KPT/1/2016 الصادر بتاريخ 28 مارس 2016. وبموجب هذا الترخيص، أصبح عدد برامج الدراسات الصحية ثلاثة. وقد شجع ذلك إدارة الجامعة على دمج البرامج الثلاثة تحت مظلة كلية الطب والعلوم الصحية. وبعد الحصول على موافقة مجلس الجامعة، أصدر رئيس الجامعة في يناير 2017 المرسوم رقم Un.3/PP.00.9/3218/2016 بشأن إنشاء كلية الطب والعلوم الصحية، والذي تم تعزيزه لاحقًا من خلال لائحة وزير الشؤون الدينية رقم 2 لسنة 2018 بشأن تنظيم وإجراءات العمل في جامعة مولانا مالك إبراهيم مالانج الإسلامية الحكومية.
حالياً، تم تأسيس برنامج دراسة التعليم الطبي في كلية الطب والعلوم الصحية بجامعة مولانا مالك إبراهيم مالانج الإسلامية الحكومية، والذي يتميز بأداء بدني رائع وحديث، وموارد بشرية مهنية، مدعوماً بروح الإسلام والتزام قوي، وسيواصل، متضرعاً إلى الله سبحانه وتعالى، المضي قدماً معاً لإعادة بناء الحضارة الإسلامية في مجال الطب والصحة من خلال تخريج أطباء يتمتعون بصفات أولي الباب.